Conquista del Perú (1532-1542)
En 1532, el triunfador de las guerras de sucesión,
Atahualpa, se reunió con los españoles en la plaza de Cajamarca. Éste, si bien había ganado las guerras, todavía no era considerado como el Inca, ya que Atahualpa todavía no había reconstruido el mundo, es decir, no había vuelto a entrelazar los vínculos familiares con los pueblos sometidos, ni siquiera había llegado al Cuzco (Huayna Cápac habría tenido un buen número de esposas debido a estos lazos familiares con los diversos grupos étnicos, Atahualpa era hijo de una princesa quiteña y de Huayna Cápac). De esta manera, el noble cusqueño mandó a vaciar la ciudad para esta ocasión. Los españoles, con ayuda de los grupos étnicos opuestos a la dominación cusqueña o simplemente opuestos a que Atahualpa fuera el gobernante, en favor de Huáscar, se apostaron de manera estratégica por toda la plaza de la ciudad andina. Así, entró Atahualpa, llevado en andas, seguido por el curaca de Chincha, también en andas debido a su importante condición como aliado del imperio, con su enorme séquito: nobles cusqueños, sacerdotes, vírgenes del sol, mujeres que las asistían, músicos, danzantes, sirvientes diversos: desde personas que barrían el camino para el paso de Atahualpa, otras que echaban flores, así como personas que cargaban las andas del Inca con sus múltiples relevos y, finalmente algunos guerreros, mientras que el grueso del ejército se quedó en las afueras de la ciudad. Así, los españoles se prepararon para entrevistarse con el Inca, mediante los intérpretes que habían conseguido en pueblos anteriores, se comunicaron con el Inca exigiéndole que se sometiera a la voluntad del Rey de España.
Después de que el Inca tirara la biblia, los españoles lo atacaron a él y a su séquito, matando a toda persona que se interpusiera entre ellos y el Inca. Luego de una sangrienta matanza, él fue hecho prisionero.
A partir de este hecho, miembros de la élite cusqueña que veían una posibilidad de subir al poder y los diferentes grupos étnicos, liderados por una élite culta, entran en un juego de negociaciones con españoles, con Cuzco, con otros nobles; se generó una situación de desconcierto, en la cual muchas grupos étnicos encontraban indispensable un levantamiento, por lo cual no dudaron en apoyar a este movimiento que recién se formaba. Así, los antiguos enemigos del imperio,(entre los que se encontraban los huancas, los
chachapoyas, los cañaris), apoyaron al movimiento con guerreros, hospedaje en sus pueblos, guías y todo lo que sirviera para librarse del yugo español.
Estos grupos étnicos que hacían todo lo que su élite local mandara y la élite cusqueña que quería usurpar el poder, probablemente creyeron que los españoles serían un grupo étnico más llegado desde tierras lejanas y que a la larga los podrían someter cuando ya no los necesitaran. Así, esta élite no tenía forma de saber que a la larga el juego de favores con estos primeros exploradores se les escaparía de su poder con la llegada de más españoles, de la desconfianza que se originaría entre ellos, y de su falta de unión frente a una fuerza extranjera.
En 1533, Atahualpa es ejecutado. Los españoles y sus nuevos aliados recorren el imperio hacia el sur, siendo recibidos entusiastamente por los huancas en la ciudad de Jatun Xauxa (
Jauja). Arriban al Cuzco en 1534 tras enfrentarse con éxito a las tropas de los atahualpistas e imponiendo a
Manco Inca(un noble inca, hijo de Huayna Cápac y opositor de Atahualpa), como nuevo gobernante de un imperio ya desmembrado. Manco Inca, luego de obtener el trono, se enfrenta a los españoles por sus constantes saqueos de templos y palacios en busca de oro. Así pone bajo sitio al Cuzco (dominado entonces por los españoles y sus aliados) y a la recientemente fundada población española de Lima, además de enviar una expedición "de castigo" contra los huancas por su "traición" al imperio. Tras meses de asedio, los españoles y sus aliados rompen el cerco del Cuzco y tras la batalla de
Saqsayhuamán recuperan el control de la ciudad. Los ejércitos del inca que atacaban Lima, desertan. Al perder su autoridad y su imperio (cuyas provincias todas se habían independizando, de norte a sur, siendo las únicas fieles las del altiplano al sur de Cuzco las cuales se enfrentaron al conquistador Almagro) Manco Inca se retira a su reducto de
Vilcabamba, en las montañas al norte de Cuzco. Allí él y sus descendientes resistirían hasta 1572, año en que el último Inca,
Túpac Amaru, es finalmente capturado y trasladado al Cuzco donde fue ejecutado.
